华南滨海花岗岩小流域地下水流过程中因为人类活动的影响体现出微生物类群有所差异。虽然随着深度增加，温度、压力改变，原始继承性活性有机碳在逐渐消耗而减少，但微生物仍然生长旺盛且种群多样。在地下水与河道水交互作用方面，浅层潜水与地表非饱和带联系密切，受地表水与雨水补给，一般为氧化环境，其中微生物特性与下游河道水相似。处于花岗岩破碎带的基岩裂隙水，相应的微生物特征与上游河道水有较大的相似性；处于裂隙发育但破碎层较少的基岩裂隙水，其承压含水层受补给源控制水量不够丰足，处于还原环境，各种芽孢杆菌占绝对优势。在地下水与海水交互作用方面，海-陆交错带地下水微生物优势类群与附近海水的微生物优势类群具有很高的相似性。

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