《文昌鱼/厦门大学百年学术论著选刊》分为三部分。第一部分“文昌鱼的形态、分类和分布”，主要介绍了文昌鱼的外部形态、内部构造，分类地位和种类，以及地理分布特征。第二部分“文昌鱼的习性和生长”，主要介绍了文昌鱼特殊的沙质生活环境和对海水、食料等的要求，文昌鱼的实验室培养方法和培养条件，文昌鱼的产卵、胚胎和幼体发育过程与特征，以及文昌鱼的生长过程。第三部分“文昌鱼的经济意义和重要性”，主要介绍了厦门的文昌鱼渔业，包括捕捞和加工方法，以及文昌鱼作为无脊椎动物到脊椎动物的过渡生物在研究动物进化方面的重要性。全书附图50幅，在书的最后还附有关于我国文昌鱼的文献和其他重要文献。