目前，执行地表水（环境）功能区划和国家地表水环境质量标准是我国区域性水环境管理的主要手段，以此为核心围绕水质目标、水环境功能区达标制定水环境管理的策略和方法，在解决我国水资源管理、水污染控制等方面发挥了重要作用，却难以满足恢复和保护流域生态系统健康的需求，特别是对物种和种群的保护、栖息地的恢复、湿地的保护、生态容量、水陆统筹管理等，缺乏行之有效的管理手段。
　　2015年9月，中共中央、国务院印发《生态文明体制改革总体方案》，明确提出要树立山水林田湖是一个生命共同体的理念，按照生态系统的整体性、系统性及其内在规律，统筹考虑自然生态各要素，进行整体保护、系统修复、综合治理，增强生态系统循环能力，维护生态平衡。2015年4月，国务院出台《水污染防治行动计划》，其中第二十五条深化重点流域污染防治明确提出研究建立流域水生态环境功能分区管理体系。
　　水生态环境功能分区，是依据河流生态学中的格局与尺度理论，反映流域水生态系统在不同空间尺度下的分布格局，基于流域水生态系统空间特征差异，结合人类活动影响因素而提出的一种分区方法。它是水环境管理从水质目标管理向水生态健康管理拓展的基础管理单元，是确定流域水生态保护与水质管理目标的基础。国家水体污染控制与治理科技重大专项在十一五期间开展了水生态环境功能分区研究，完成了全国十大流域水生态一级、二级分区的划分，并重点划分了太湖、辽河两大流域三级分区；十二五期间在太湖流域又进一步开展了三级水生态功能分区的示范与应用研究。
　　为了推进江苏省生态文明建设，改善流域水环境质量，加强流域水生态环境保护，保障流域水生态系统健康，在之前研究成果基础上，进一步结合江苏省实际情况，通过对太湖流域水文一水质一水生态的系统调查、水生态健康指数指标体系的建立、流域重要保护物种的研究，在太湖流域（江苏）划分了49个水生态环境功能分区，对各生态分区的生态功能与服务功能的判别，制定了三类四级水生态管控目标，初步构建了太湖流域（江苏）分区、分级、分类、分期水生态健康管理体系，进而推进江苏省环境管理实现四个转变：从保护水资源的利用功能向保护水生态服务功能转变，从单一水质目标管理向水质、水生态双重管理转变，从目标总量控制向容量总量控制转变，从水陆并行管理向水陆统筹管理转变，促进流域水生态系统健康与社会经济协调可持续发展。
　　该项工作始于水专项研究，但也受到了江苏省环保厅领导的高度重视，研究成果多次征询了环保部原污防司、江苏省各相关部门、太湖流域各地市政府、太湖流域各地市环保系统以及江苏省太湖流域水污染防治办公室相关领导和专家的意见和建议，目前己融入江苏省环保厅的行政管理工作之中。成果为地方政府建立了一套基于水生态环境功能分区的流域水生态健康管理体系，实现了与现有水环境管理日常工作的并轨运行。研究形成的水生态管理、空间管控和物种保护三大类目标将分为分近、远期实施，指导地方政府对水生态环境功能分区进行考核与管理，进而为江苏省太湖流域的水环境、水生态管理、各区域制定社会经济发展规划、环境管理制度等工作提供基础依据，为江苏省太湖流域水环境管理决策提供基础支撑，促进环境与经济发展相协调，保障生态系统健康与经济可持续发展，*终实现推动流域污染物总量减排，水质改善、水生态健康的目标。
　　《江苏省太湖流域水生态环境功能分区技术及管理应用》是国家水体污染控制与治理科技重大专项太湖流域（江苏）水生态功能分区与标准管理工程建设课题太湖流域（江苏）水生态功能分区管理示范子课题（编号：2012ZX07506-001-001）研究成果的总结。

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