1644年3月，李自成大顺军攻占北京，崇祯皇帝朱由检自缢煤山。位于浙南的温州府由于与福建毗邻，被深深地卷入到鲁王、唐王（隆武）和郑氏集团与清军的战争之中，此后祸乱迭起，温州惨遭蹂躏达四十年之久。清军收复台湾后温州迎来一个相对安定的历史时期。至康熙晚期，大规模的水利兴修使东部山麓平原和沿海平原的经济逐渐得到复苏。山区的经济恢复和发展则更多地依赖自明末以来不断迁入的福建移民。他们把高产美洲作物番薯、玉米的种植扩展到贫瘠高寒的山区和沿海岛屿。大约在嘉庆朝，西部山区开发基本完成。温州山区经济的开发和发展整体性地改变了温州的经济格局。 由于长时期的承平和福建人口的持续的大规模迁入，温州地区的人口呈现了膨胀式的快速增长，农业开发空间基本丧失，人民生计艰辛。道光后富户和贫民之间的矛盾日渐表面化和尖锐化，至咸丰朝终于爆发了瞿振汉起事和平阳瑞安的金钱会事件。 光绪初温州开埠，西潮涌入。面临历史大变局，温州士人纷纷思索应对之道，陈虬、宋恕、陈黻宸以其远见卓识登上全国从政治舞台和思想舞台。温州对全国性的政治文化运动也都有及时的呼应。宣统三年（1911）九月，温州府及所属各县纷纷光复，清朝在温州的统治结束。

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