有些政治文化的传统，表面上未必会在当时直接改变历史走向，不过，它就像基因一样，终究会潜移默化地渗透到历史之中，给后来试图改变现状的人很多暗示，甚至直接影响了历史的选择。

本书从三个角度讨论中日传统政治文化的结构性差异：上篇《皇权与革命》从历史上中国不断改朝换代与日本所谓万世一系，来分析传统中日政治权力合法性来源与政治权力结构上的差异；中篇《郡县与封建》指出传统中国与日本在中央与地方关系上的差异；下篇《王权与神佛》讨论了中日两国在政教关系上的不同。