国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治旨在降低艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病发病率、病死率。在大规模的综合防治示范区内进行现场研究与防治技术的实施，取得有应用价值的研究成果和适合于国情的实施路径和策略，是在全国范围内推广的必要步骤和工作基础。
2009年，在当时的卫生部科技重大专项实施管理办公室的统筹部署下，经北京市疾病预防控制中心组织牵头，北京市朝阳区疾病预防控制中心参与到十一五重大专项 北京市朝阳区艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病综合防治示范区建设研究
（2009ZX10004903）中。2012年，北京市朝阳区艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病综合防治示范区建设研究滚动至十二五，继续被列入艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治科技重大专项实施项目（2012ZX10004904）中。在示范区项目的支持下，朝阳区逐渐创建了大规模乙肝、艾滋病重大传染病规模化流行病学研究现场，统一诊断标准、检测方法、干预措施、数据采集，开展了规模化、前瞻性、多中心队列研究，实现了传染病技术大数据的云技术与挖掘分析，摸索建立了适宜社区的艾滋病和乙肝综合干预防控模式。2018年，北京市朝阳区艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病综合防治示范区建设研究（2018ZX10715005）持续滚动，再次由国家卫生计生委医药卫生科技发展研究中心通过并批复艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治科技重大专项立项项目。十三五以来，北京市朝阳区通过不断完善示范区基础设施、全面队伍建设，普及成人乙肝疫苗接种、艾滋病防治知识等一系列强化干预措施，创建了医疗、预防和医疗服务产业部门间相互促进、协同开展工作的新模式，研发了在人口高度流动背景下的队列精准管理技术，为降低艾滋病和乙肝的感染率提供示范现场，为我国大中城市乙肝和艾滋病防治提供经验。